Walber Alexandre de Souza ingressou no MPPR em 1996, nomeado para o cargo de Promotor de Justiça Substituto de Cianorte. No mesmo ano, foi designado para atuar em Promotorias de Justiça das comarcas de Maringá, Peabiru, Telêmaco Borba, Laranjeiras do Sul e Chopinzinho. Em 1997, assumiu como titular na comarca de entrância inicial de Cândido de Abreu, com designações para as Promotorias de Justiça de Reserva e Ivaiporã, sendo promovido por merecimento para a comarca de entrância intermediária de Assaí, em 1999, com designações para as Promotorias de Justiça de São Jerônimo da Serra e Cornélio Procópio.

Em 2002, chegou à entrância final em Cascavel e, no ano seguinte, foi removido para Curitiba, como Promotor de Justiça Substituto, com designações para atuação no Juizado Especial Criminal, nas Varas Criminais de Curitiba, nas Varas de Execução Penal, na Promotoria de Justiça de Investigação Criminal (antiga PIC), na Promotoria de Inquéritos Policiais (antiga PIP) e na Promotoria de Justiça da Vara de Auditoria da Justiça Militar. Em 2007, foi designado para atuar no Grupo de Atuação Especial de Combate ao Crime Organizado (Gaeco), em Curitiba, e, em 2008, passou para a Promotoria de Justiça Especializada de Proteção ao Patrimônio Público e à Ordem Tributária.

Na Administração Superior, entre 2010 e 2017, exerceu as funções de Promotor-Corregedor e Promotor-Corregedor Adjunto. De 2018 a 2024, atuou como Assessor do Gabinete do Procurador-Geral de Justiça, junto à Subprocuradoria-Geral de Justiça para Assuntos Jurídicos (Subjur). Também em 2018, exerceu as atribuições de Secretário do Conselho Superior do Ministério Público. Em 2023, integrou a banca examinadora do concurso para ingresso na carreira do MPPR. Em 2024, foi removido para o cargo de Promotor de Justiça Substituto em 2º Grau, com atuação junto ao 5º Grupo Cível, da Procuradoria de Justiça Cível. Em 2026, foi designado para atuar junto ao 6º Grupo Criminal da Procuradoria de Justiça Criminal.